Wszystko co ma początek, ma też koniec.
        
        W zapierającej dech w piersiach scenie kończącej film "Matrix Reaktywacja", Neo (KEANU REEVES) zrobił kolejny krok na drodze ku prawdzie, której początek miał miejsce w końcowym scenach "Matrixa" – przemiana wyczerpała jednak jego moce, leży bezsilny na ziemi niczyjej, gdzieś pomiędzy Matrixem i Światem Maszyn. Podczas gdy Trinity (CARRIE-ANNE MOSS) strzeże ciała pogrążonego w śpiączce Neo, Morfeusz (LAURENCE FISHBURNE) zmaga się ze świadomością, że Wybraniec, w którego wierzył całe życie, jest jedynie kolejnym systemem kontroli, wymyślonym przez budowniczych Matrixa.

        W filmie "Matrix Rewolucje", końcowym rozdziale trylogii "Matrix", epicka wojna pomiędzy ludźmi i maszynami zbliża się do finału: siły wojskowe Syjonu, którym pomagają odważni ochotnicy cywilni, tacy jak Zee (NONA GAYE) i Dzieciak (CLAYTON WATSON), rozpaczliwie walczą z inwazją Strażników. W tym samym czasie armia Maszyn drąży tunel wprost do ostatniej twierdzy ludzi. W obliczu totalnej zagłady mieszkańcy bastionu walczą nie tylko o życie, ale o przyszłość całej ludzkości.

        Nie wiedzą jednak, że ich szeregi są infiltrowane od środka: wyzwolony program Smith (HUGO WEAVING) przejął Bane’a (IAN BLISS), członka załogi jednego z poduszkowców floty Syjonu. Z każdą sekundą Smith rośnie w siłę, nie kontrolują go nawet Maszyny. Grozi zniszczeniem ich imperium, realnego świata i Matrixa. Wyrocznia (MARY ALICE) przekazuje Neo ostatnie rady, które ten przyjmuje, w pełni świadomy, że jest ona jedynie programem, a jej słowa mogą być po prostu kolejną warstwą oszustw, przynależną do wielkiego schematu Matrixa.

        Z pomocą Niobe (JADA PINKETT SMITH), Neo i Trinity decydują się na podróż, jakiej nie odbył wcześniej żaden człowiek – wychodzą na zdradziecką powierzchnię, wędrują poprzez spaloną Ziemię do serca niebezpiecznego Miasta Maszyn. W tej ogromnej, przepełnionej maszynami metropolii, Neo staje twarzą w twarz z największą potęgą świata maszyn – z Deus Ex Machina – i udaje mu się wynegocjować układ, który jest jedyną nadzieją dla ginącego świata.

        Wojna zakończy się tej samej nocy, a przeznaczenie Neo i los dwóch cywilizacji zależy od wyniku konfrontacji ze Smithem.